HDX-MS - silný nástroj pro charakterizaci struktury proteinů

24. 3. 2021

Evaluace struktury proteinů a jejich komplexů je zcela zásadní pro pochopení jejich funkce. S ohledem na to dnes existuje celá řada vědeckých přístupů a technik jako je X-ray krystalografie, nukleární magnetická rezonance (NMR) nebo cryo-elektronová mikroskopie (cryo-EM).  Tyto však nemusí dovolovat studium proteinů v jejich nativním stavu nebo jsou limitovaný počtem aminokyselin (NMR).

Hydrogen Deuterium Exchange Mass Spectrometry, neboli hmotností spektrometrie deuteriové výměny, HDX-MS, je metoda spadající do balíků MS metod pro stanovení celkové strukturální informace proteinů a strukturní biologie. Její výhodou je možnost studovat proteinové komplexy v nativním uspořádání, minimální požadavky na množství vzorku a volnost ve výběru proteomického experimentu (Bottom-up MS s možností ETD fragmentace, Intact/top-down MS s možností ETD fragmentace).

Princip experimentu je velmi zjednodušeně založen na inkubaci proteinu v deuterovaném pufru po definovanou dobu, při níž dochází k výměně atomů vodíku a deuteria na amidové kostře proteinu. Míra této hydrogen-deuteriové výměny dává informaci o vztahu proteinu k rozpouštědlu a následně o jeho struktuře a konformaci.

Z hlediska instrumentace je u tohoto přístupu kritické rozlišení (velké množství izotopových obálek), citlivost (malé množství vzorku), fragmentace intaktní k deuteriím na amidové kostře (ETD, Electron Transfer Dissociation) a přesně vyvinutý software.

Hybridní vysokorozlišovací hmotností spektrometry řady Exploris™ na bázi orbitální pasti ve spojení s BioPharma Finder™ softwarem, obojí od Thermo Scientific™, jsou tak zcela ideální volbou.

Automatizace inkubačního procesu je realizována skrze platformu H/D-X PAL™, Hydrogen Deuterium Exchange Sampler.

Pro více informací navštivte dedikovaný web nebo stahujte White Paper.

Váš tým Pragolab s.r.o.